Supernova: Protokół „Charon” to pionowa strzelanka z bitwami przeciwko okrętom flagowym
Statek sam strzela, więc prawie zawsze unikasz kul wroga. Trasa prowadzi z orbity Ziemi do szczeliny w próżni i przebiega przez 11 sektorów. Każdy sektor ma swoje własne niebo, własne przeszkody i własne fale wrogów. Jeśli po Star Wing chcesz strzelankę z kampanią i hangarem pomiędzy lotami, tutaj znajdziesz jedno i drugie.
Flagowiec na końcu sektora
Każdy sektor kończy się bitwą z okrętem flagowym, a bitwa ta składa się z kilku faz. Wieże flagowe można zestrzelić pojedynczo, a po każdym zestrzeleniu wieży ogień maleje. Gra wybaczy jeden błąd w tej bitwie, ale drugiego nie.
Dziewięć beczek i hangar
W grze dostępnych jest dziewięć rodzajów broni: impulsowa, rozprzestrzeniająca się, laserowa, rakietowa, plazmowa, łukowa, falowa, bumerangowa i Railgun. Każdy z nich zostaje wzmocniony bezpośrednio w walce. Za bitwy otrzymujesz kredyty, a pomiędzy lotami wydajesz je w hangarze. W zestawie 6 kadłubów, drony, komora bombowa, lot eskortowy i 6 skórek. Za umiejętności bojowe gra przyznaje medale i rozkazy, łącznie 20.
Gęsty ogień wrogów jest znany z Neon Space Shooter, ale tutaj istnieją dwa narzędzia przeciwko niemu. Fokus zmniejsza prędkość o połowę i pokazuje obszar, w który trafiają kule. Bomba oczyszcza ekran z pocisków wroga. Kampanię można ukończyć na jednym z trzech poziomów trudności lub w towarzystwie dwóch graczy przy tej samej klawiaturze.