W Pokemon Battle Labyrinth poprowadzisz swojego Pokemona przez specjalnie zbudowany labirynt, w którym może on doskonalić swoje umiejętności walki. Pod twoim przewodnictwem Pokemon będzie poruszać się po labiryncie, pokonując różne przeszkody i pułapki oraz zbierając różne przydatne przedmioty. Po spotkaniu z przeciwnikami będziesz musiał wykorzystać umiejętności bojowe bohatera, aby zniszczyć go w walce. Gdy tylko wróg umrze, otrzymasz punkty w grze Pokemon Battle Labyrinth.