Przyciski są powszechną metodą sterowania w grach, a w Button Puzzle są głównymi. Na każdym poziomie ich zestaw będzie się zmieniał u dołu ekranu i jest to minimalnie konieczne. Klikając przesuniesz postać tak, aby zebrała niebieskie kamienie, po czym pojawią się drzwi umożliwiające wyjście z poziomu.