Zadaniem w Clone Ball Maze 3D jest dostarczenie kulek do pojemnika w kształcie stożka, który znajduje się przy wyjściu z labiryntu. Przechodząc przez labirynt, staraj się zwiększać liczbę piłek za pomocą specjalnych sekcji. Jest to konieczne, aby przedostać się przez zamknięte drzwi, w takim przypadku będziesz musiał poświęcić kule i powinny ci wystarczyć.