Mario ponownie będzie musiał chwycić za broń, aby chronić swój świat i Grzybowe Królestwo przed ogromnymi potworami wyłaniającymi się z ciemnego lasu. Wróg został niespodziewanie wsparty przez mięsożerne kwiaty i nikogo to nie zdziwiło, a Mario był całkowicie zły. Pomóż bohaterowi w Super Mario Defend, a pokaże wszystkim.